Nous présentons ici les différents paramètres de ce Shiny.

Réglages relatifs à la visualisation

Les trois premiers réglages ne servent qu’à la visualisation et n’ont aucun impact sur les résultats retournés par le modèle :

  • Nombre de jours à visualiser permet de voir jusqu’à quelle date l’on souhaite visualiser les simulations ;
  • Incidence cumulée donne la possibilité d’afficher le nombre de total de personnes actuellement en réanimation (en bleu) et le nombre total de décès survenus à l’hôpital (en rouge) plutôt que le nombre de nouvelles admissions quotidiennes et la mortalité hospitalière journalière respectivement ;
  • R(t) ou mesures de contrôle donne le choix entre visualiser le nombre de reproduction temporel de la population ou les mesures de contrôle appliquées aux différents groupes.

Dépistage massif

Le modèle permet de prendre en compte l’effet d’un dépistage massif sur la propagation de l’épidémie. Dans le cas d’un tel dépistage, on considère qu’une certaine proportion de personnes contagieuses pourrait ne plus l’être grâce à des mesures tel que l’isolement.

Si cette option est activée, il faut alors préciser la date de début du dépistage ainsi que la proportion de personnes infectieuses qui pourrait être isolées et ne plus contribuer à la propagation de l’épidémie.

Confinement adaptatif

Le modèle permet aussi la possibilité d’un confinement adaptatif. L’adaptativité consiste à mettre en place un confinement dès lors que le nombre journalier d’admissions en réanimation dépasse un certain seuil à spécifier. L’intensité de ce confinement doit être aussi préciser via la réduction du nombre de reproduction temporel.

Stratégies de contrôle

Il est possible d’implémenter des stratégies de contrôle d’intensité diverses sur des périodes à définir.

Il est aussi possible de séparer la population en plusieurs groupes en fonction de l’âge. Il faut alors préciser les âges de séparations (p. ex. : spécifier deux âges de séparation comme 40 et 60 sépare la population en trois groupes : les moins de 40 ans, ceux entre 40 et 60 ans, et les plus de 60 ans).

En cas de plusieurs groupes, un niveau de contrôle pour chaque groupe doit être préciser.

Ne mettez pas deux fois le même âge de séparation !

Confinement périodique

Si des stratégies de contrôle sont pratiques sur le court terme, sur le long terme il est peut-être plus pratique d’avoir un confinement périodique.

Cela consiste à définir une périodicité pour lequel différents niveau de contrôle peuvent être appliqués aux différents groupes qui composent la population.

Exemple : À la durée de chaque période vous mettez 5, 2, 7 ; et pour le groupe 1 vous imposez un contrôle de 0.8, 0.3, 1. Alors cela signifie que vous aurez 5 jours avec un côntrole léger (réduction des contacts de 20%) suivie de jours avec un contrôle assez drastique (réduction des contacts de 70%), suivie elle-même d’une période de 7 jours sans contrôle. Et cela recommence. S’il y a plusieurs groupes, il faut alors préciser le niveau de contrôle périodique pour chaque groupe.

Remarque : Pour des raisons techniques, il n’est pas possible de saisir deux fois la même valeur. Cela dit, pour la périodicité saisir 5, 5.1 ou 5.9 donnera trois périodes de 5 jours. Quant aux valeurs de contrôle, vous pouvez mettre des décimales et ainsi avoir des valeurs très proches si vous le souhaitez.

citation : Sofonea MT, Reyné B, Elie B, Djidjou-Demasse R, Selinger C, Michalakis Y, Alizon S (2020, medRxiv)
Epidemiological monitoring and control perspectives: application of a parsimonious modelling framework to the COVID-19 dynamics in France
https://doi.org/10.1101/2020.05.22.20110593